Планета Вега, вследствие использования высокоэнергетического, но радиоактивного вещества вегатрон, становиться нестабильной. Поэтому, для расширения империи и нахождения подходящей планеты для заселения, беспощадный король Вега развязывает войну против ближайших соседей – высокоразвитой, но мирной планеты Флид (Fleed). Однако, атака захватчиков оборачивается против них самих – вся планета превращена в радиоактивную пустыню. Выжившему представителю королевской династии принцу Дюку Флиду (Duke Fleed) удается похитить самое грозное оружие планеты Вега – Грендайзера (человекоподобного боевого робота, способного к объединению с носителем – спейсером). Спасаясь от сил Веги, Дюк попадает в солнечную систему, где изменяет курс в сторону Земли и совершает посадку в Японии. Здесь он знакомится с доктором Омоном, который контролирует работу исследовательской лаборатории. Доктор представляет его местным жителям как своего сына Дайсу (Daisuke) и помогает принцу спрятать спейсер. Через 2 года в Японию возвращается Коджи Кабуто (Kouji Kabuto) – молодой человек, исследующий летающие тарелки и пытающийся вступить с ними в контакт. Однако, летающими тарелками оказался боевой флот с планеты Вега. Для спасения Коджи и защиты своей новой родины Дайсу приходится использовать Грендайзер…

В далёком будущем на человечество нападает инопланетная раса Мазонов, которая начинает истреблять людей. При этом земное правительство не принимает усиленных попыток борьбы за независимость, довольствуясь нынешнем положением. Так капитан Харлок вместе со своим экипажем и звездолётом «Аркадия» решает в одиночку веcти борьбу против инопланетных агрессоров, в частности Мазонов, которые исследовали землю в далёком прошлом и теперь считают её своей планетой.