В стране Аместрис алхимия широко распространена как точная наука. Два брата Эдвард и Альфонс Элрики ещё детьми пытались при помощи алхимии воскресить мёртвую маму, но поплатились за это. Старший лишился руки и ноги, а младший — всего тела, хотя и был в самый последний момент чудом спасён, когда брат привязал его душу к стальным рыцарским доспехам. Теперь два брата — первый со стальными протезами, второй — просто говорящий доспех — ищут философский камень, чтобы вернуть тело Альфонса.

Молодая, идеалистически настроенная учительница Ямагучи Кумико устраивается на работу в школу, мечтая взрастить достойных и прекрасных учеников. Однако мечты ее, кажется, рушатся на корню: ее определяют классным руководителем в 3D - самый непослушный класс. Ее ученики ходят неряшливо одетые, красят волосы во всевозможные цвета радуги, ведут себя неподобающим образом, проявляя крайнее неуважение и к Ямагучи, и ко всему преподавательскому составу. Больше всех в этом отличается лидер класса Савада Шин, он ленив, но при этом умен и начинает проявлять интерес и уважение к личности Кумико, когда замечает, что она чем-то отличается от обыкновенных учителей. Никому не известен тот факт, что Ямагучи является фактическим наследником 4 поколения одного из кланов Якудза. Однако она отказывается от этой чести, так как ее мечта - стать учителем. По мере общения с Кумико, ученики начинают уважать своего единственного настоящего учителя, который учит их прежде всего самым простым вещам - что такое друзья и враги, что и кого нужно в этой жизни защищать, ради чего нужно жить и любить, как понять свое место в жизни, как самоопределиться...