Красавица Май Токиха и её болезненный младший брат Такуми получают приглашение на учёбу в престижную частную школу Фука, причём администрация школы выделяет им стипендию, что очень существенно для небогатой семьи, утратившей мать ещё в раннем возрасте. Плывя на пароме к месту учёбы, Май участвует в спасении едва не утонувшей странной девушки Макото, извлечённой из воды с огромным чёрным мечом. Однако это чуть не стоило жизни ей самой — на судно с целью убить Макото проникает другая странная девушка Нацуки, и в их завязавшемся поединке, в котором обе используют мощные магические силы, паром начинает разваливаться на части. Пытаясь защитить Макото от Нацуки, Май внезапно открывает в себе HiME-способности — столь сильные, что Нацуки приходится ретироваться. Так происходит знакомство Май Токиха с двумя другими девушками-HiME, вместе с которыми ей предстоит защитить учеников Фука от Сирот, таинственных монстров, угрожающих школе. Однако после сокрушительной победы над Сиротами оказалось что приключения только начинаются!

Современная Япония. Великий одноглазый воин и ниндзя XVII века Ягю Дзюбэй Мицуёси на смертном одре взял со своего ученика Адаго Койносукэ клятву, что тот передаст его, Дзюбэя, искусство воина достойному последователю. Однако этот последователь должен быть «миленьким и сисястым». Несчастный Койносукэ был удивлен и разочарован такими инструкциями, но клятва есть клятва. В качестве символа мастерства он должен быть передать последователю учителя глазную повязку в форме сердечка. Прошло триста лет. Койносукэ продолжал безуспешно искать ту, о ком ему рассказал учитель. И вот он ее нашел - школьницу Нанохаму Дзюю по прозвищу «Дзюбэй». Теперь, надев повязку Дзюбэя, Дзюю превращается в его женскую версию - мастера меча и искусства ниндзя. Однако не дремлют и духи тех, кого Дзюбэй в свое время победил...