Синтиро понимает, что ему нравится Хироми. Хироми с детства любила Синтиро. Но не всё так просто. В жизни Синтиро появляется загадочная Ноэ, которая мечтает о полёте и настоящей любви. Ноэ любит подкармливать петухов и верит, что однажды её петух полетит. Она никогда не плачет, потому что она отдала свои слёзы. Ноэ просит Синтиро об одолжении, которое может сделать только самый близкий для неё человек...

За суровым и пугающим поведением «Дикого медведя» из отдела продаж Ёкодзавы Такафуми скрывается добрая и чувствительная душа. Во время тяжелых личных переживаний, произошедших с ним в оригинальной серии аниме, он тонет в своем горе, но его жизнь закручивается в вихре событий после случайной встречи с Киришимой Дзен, главным редактором журнала «Дзяпун».

В недалёком будущем большая часть человечества была уничтожена существами, известными как «Фестумы». Уцелевшие ведут непрерывную и жестокую борьбу с пришельцами, стремящимися объединить всё живое в одну сущность. На отдаленном японском острове Тацумия об этом не говорят. Используя для укрытия от Фестумов необычные технологии, взрослые пытаются сохранить детям острова беззаботное детство. Тацумия много лет остаётся последним спокойным местом на планете, но однажды последняя защита рушится, и Фестумы приходят на остров. Теперь уже подросткам придётся сражаться за врослых, поскольку именно на них работала все эти годы генная инженерия острова — и только они способны управлять огромными боевыми машинами, Фафнирами.

Мега-корпорация «Дедал Групп» подвергается террористической атаке небольшой группы активистов, известных как Дух Икара. Во время лечения жертвы взрыва Блэк Джек встречает доктора Кирико, также известного, как Воплощение Смерти, который вместо того, чтобы спасать своих пациентов, предлагает им безболезненную смерть. Когда группа активистов просит обоих врачей о сотрудничестве, Блэк Джек оказывается пойман в круговорот жизни, смерти и предательства, пытаясь спасти своих пациентов и избежать начала биологической войны, которая может уничтожить человечество.

С момента последней крупной схватки с Фестумами минуло два года. Жители острова Тацумия постепенно возвращаются к своей прежней размеренной жизни. Казуки Макабэ, ослепший с тех пор, с каждым днём всё больше теряет веру в обещание, данное ему Соши прямо перед своим исчезновением, что он вернётся, и всё вновь станет по-прежнему. Но всё меняется однажды ночью с появлением неопознанной подводной лодки в бухте острова Тацумия, на борту которой оказывается таинственный юноша по имени Мисао Курусу, утверждающий, что его послал не кто иной, как Соши. С появлением Мисао вражда между Фестумами и человечеством вспыхивает с новой силой.

2150 год после рождения Христа. Битва против внеземных существ, именуемыми Фестумами, достигла нового уровня. Последствия «Лазурной операции», проведённой «Альвисом», привели к полному разрушению поселения Миров (одной из расы Фестумов), находящегося на Северном полюсе. В результате фрагменты Миров разбросало по всему свету, но что самое удивительное — эти фрагменты начали существовать как единая и независимая федерация. Большинство из них возненавидело людской род и находило любой повод для атаки, но были и те, кто соглашался сосуществовать вместе с людьми. Однако в рядах человечества также жили и живут те, кто являются одновременно и человеком, и Фестумом. И такие существа добавляют ещё больше неразберихи и ненависти в и так сложную ситуацию. Невероятно, но факт. Люди и Фестумы готовы сотрудничать. Тем временем жизнь на острове Тацумия будто бы притихла, и ни один из легионов не вступает в бой. Пройдя через масштабное сражение с Мисао Курусу два года назад, правительство острова решило сесть за стол переговоров с Мирами. И теперь у детей «Альвиса» появилась уникальная возможность — изучить врага изнутри.

Блэк Джек, нелегальный хирург с блестящими способностями и тёмным прошлым, спасает пациентов в безнадежном состоянии за приличные суммы. Кто он – дьявол или рука бога?