Третий сезон продолжает основную сюжетную линию фильма. «Мифрил» делает своё обычное дело, противодействует террору и экстремизму, помогает гасить локальные конфликты. Похоже, Тидори Канаме уже ничего не угрожает, и командование чем дальше, тем больше задаётся вопросом: какой смысл держать возле девушки Сагару, который нужен для боевой работы и испытаний «Арбалеста»? Главные герои тем временем заканчивают школу. Сагара впервые задумывается: что же он будет делать дальше? Каким он хочет видеть своё будущее?

Испытания героев первого сезона завершились благополучно благодаря незримой помощи Юко и Химуры – таинственных хранителей Северного и Южного города. Но откуда у этих двоих право и власть вмешиваться в жизни других людей? Второй сезон дает ответ на этот вопрос, рассказывая историю Хранителей с раннего детства и школьных лет, трагическую повесть, в которую вплелись судьбы всех остальных героев сериала. На пересечении прошлого и будущего развивается и другая история – любви скрипача Кудзэ, доживающего последние дни, и юной Мидзуки, которая может стать новой избранницей, если не отступит, не предаст себя и одолеет все преграды.

Триумфальное возвращение сериала, созданного по роману Сёдзи Гато, спустя 13 лет после выхода хронологически предшествующего «Нового рейда». Прослывший в школьных кругах сумасшедшим милитаристом, находясь под прикрытием, являющийся в действительности молодым сержантом и не знающий ничего, кроме военного дела, Сосукэ Сагара с большим трудом влился в коллектив своих сверстников и всё благодаря безумно вспыльчивой активистке Канамэ Тидори, безопасность которой по сей день является его приоритетной задачей. Всё из-за того, что знания, опережающие на многие года технологический прогресс и впоследствии пробудившие по-настоящему сверхъестественные способности, оказались неведомым образом помещены в её голову и волею случая заинтересовали многие террористические группировки, напавшие на след такого очевидно лакомого кусочка. До сих пор Сагара, в довесок ко всему управляющий уникальным высокотехнологичным меха-роботом, совмещал насыщенные школьные будни и навязчивую слежку за Тидори с периодическими вылетами на боевые задания. Вместе они прошли огонь и воду, сражаясь с «Амальгамой» и Гауроном и прочими охочими до способностей девушки личностями, отличающимися девиантным поведением. Однако Леонард Тестаросса не оставляет и надежды на отдых, решив взять реванш у «Мифрила» за поражение своей организации, в частности у самого Сосукэ Сагары, и одержать победу, невзирая на цену, которую ему придётся за это заплатить.

Главный герой Луи - сын ректора Академии при Гильдии Магов и, по совместительству её студент. А так же обаятельный, охочий до женщин и выпивки раздолбай и великолепный кулачный боец. Троим искательницам приключений: жрице Мелиссе, воительнице Джини и воровке Мириэль позарез требовался маг в команду и они случайно встречают Луи. Но выясняется, что Луи хоть и учится на мага, у него куда лучше получаются сражаться голыми руками и подручными средствами. Он постоянно путает заклинания (вместо «усыпления» бывает использует «взрыв») и предпочитает все проблемы решать грубой силой. Искательницы приключений уже были готовы отказаться от его услуг, но случилось невероятное, одной из искательниц, жрице Мелиссе, было откровение от бога, Майри которому она поклоняется, оно гласило, что Луи должен стать её «героем» и она должна постоянно его сопровождать. Теперь Луи были вынуждены принять в команду, и поэтому благодаря нему ещё случится немало неприятных для команды и смешных для зрителя моментов.

Гениальный изобретатель Кюсаку Нацумэ создаёт девочку-андроида с генами кошки. Однако супруга Кюсаку, генеральный директор корпорации Mishima Industries, хочет использовать технологии мужа для создания боевых роботов.

Сие творение представляет собой короткие отрывки из жизни гиперозабоченных людей и те героические поступки, на которые они идут, чтобы увидеть части женского трикотажа.

Ёсида Тидзуру выступает по телевидению. В нее влюбляется молодой учитель, который не знает, что у нее есть парень музыкант. Музыкант любит Тидзуру, а она влюблена в свою новую соседку.

В конце Второй мировой войны через мгновение после известий о бомбардировке Хиросимы суперсекретный японский линкор «Ра» столкнулся со своим американским собратом, и в результате непродолжительного боя оба канули в лету. Через 50 лет потомки офицеров «Ра» в числе спецподразделения ООН отправляются в Антарктиду, чтобы изучить необычный феномен, и обнаруживают там таинственную чёрную колонну, которая уничтожает почти всю команду. Но это оказывается только началом битвы, в которой всё человечество может быть уничтожено за считанные секунды.

Сюжет развивается в не таком далеком будущем, как хотелось бы верить. Столица Японии лежит в руинах. Во круг царит анархия и сплошной беспредел. Вся власть в руках различных банд, которые творят, что хотят не боясь наказания. Главного героя за жизнью, которого будет наблюдать зритель со стороны зовут Такатэру Суга. Участники одной из банд похитили его родную сестру. Теперь мужчина отправляется ей на выручку. Для этого ему следует проникнуть в самое сердце банды...

С победы над арагами прошло два года. С тех пор они больше не появлялись. ЗЦУ распущена, а её члены разбежались кто куда. Япония давно уже восстановилась от разрушений и живёт дальше. А вот в отношениях Момидзи и Мамору сплошной разлад, и они всё больше отдаляются друг от друга. Но всё меняет красноволосая красотка Валенсия Татибана, прибывшая за помощью из Сан-Франциско, где вновь дают о себе знать арагами. Старая команда из ЗЦУ собирается вместе снова, чтобы дать отпор новой угрозе и узнать, кто же стоит за всем этим.

Потерявшую память девушку-андроида с геном кошки приютила семья Нацумэ. Вскоре в городе происходит серия загадочных инцидентов, связанных с разрушениями и выходом из строя экспериментальных роботизированных машин.