Двенадцать долгих лет не утихает в азиатской стране Газс-Соника жестокая гражданская война, принося неисчислимые страдания населяющему её народу. В бушующем море ненависти и смерти, как рыба в воде, чувствует себя молодая киллерша Мадлакс, которая, не относясь ни к одной из противоборствующих сторон, ловко и профессионально выполняет любые опаснейшие и деликатнейшие поручения, не задумываясь, зачем и для кого — лишь бы платили. Тем временем в далёкой от Газс-Соники благополучной Европе в роскошном особняке проживает рано осиротевшая барышня Маргарет Бартон, тихая девушка, всё время пребывающая в своих грёзах. Какими бы разными ни казались две молодые особы, обеих связывают прочные незримые узы. Символом этой неразрывной связи является хранящаяся у Маргарет таинственная книга с диковинными письменами и пятнами крови, за которой охотятся могущественные силы, стоящие за бойней в Газс-Сонике. Неминуемая встреча девушек позволит им раскрыть причину гражданской войны, тесно связанную с событиями их далёкого прошлого.

В альтернативно существовавшей Японии уже в позапрошлом веке гейши играли на гитарах, злодеи применяли электрошок и ездили на поездах, а самураи носили эластичные трико и стреляли разрывными пулями. Словом, там всё было абсолютно не так, как мы привыкли думать. Кроме одного: борьба добра со злом протекала привычным руслом – тайный отряд «Самурай Ган» боролся с произволом, преступностью и насилием. Пацифист Итимацу, доблестный Дэймон и ослепительная Курэнай истребляли негодяев не самым самурайским – огнестрельным – способом, но зато с поистине самурайским рвением. Однако скоро их усилия навлекли на «Самурай Ган» гнев правительства, которое создало особое подразделение для борьбы с нелегальными правдолюбцами...